一些全身性疾病可以损害男性生育力，从而引起男性不育症。例如，糖尿病和一些神经性疾病可以导致阳痿和射精异常，还可损害精子生成和副性腺功能，从而引起不育；结核性的附睾炎和前列腺炎可影响精子的运输，引起不育；肾功能衰竭、肝脏疾患以及其它不常见的代谢性疾病，均可引起男性不育症。此外，由于酗酒引起的全身多脏器的疾病，例如酒精性肝炎等，间接损害睾丸，导致不育。发热对男性不育的影响也不容忽视，超过38°C的高热可以持续抑制精子发生达6个月以上。然而，不同疾病、不同发病状况和持续时间所导致的危害程度不同，例如，一次严重的疟疾引起的高热所造成的危害远大于一次流感的影响。流行性腮腺炎与典型的睾丸炎之间有密切联系。青春期之后，由于流行性腮腺炎并发睾丸炎而导致后天睾丸损害是男性不育的原因之一，其发病率高达15%～25%。睾丸炎经常在流行性腮腺炎发病后的4～7天出现，致使睾丸轻度萎缩、进行性纤维性变，使生育能力降低。发生流行性腮腺炎并发睾丸炎后生育力的恢复也有差异，一些患者持续不育，而其他一些患者恢复生精功能需要长达两年的时间，完全无生育能力的患者仅占5%。对患者采用类固醇激素和腮腺炎疫苗治疗可以保护其生育能力。此外，尚需注意，青春期前患腮腺炎且未并发睾丸炎的男性，其生育力一般不会受到影响。
人们对常见的男性不育因素比较熟悉，而对特发性无精子症和少、弱、畸型精子症的病因认识不够。近年来通过采用细胞和分子生物学技术发现，这类患者的病因往往是基因突变和染色体畸变，包括染色体数量异常，遂将这类疾病称为精子发生的遗传性疾病。这种疾病的发生率正逐年上升，现已达30%。
慢性呼吸道疾病，包括支气管扩张、慢性鼻窦炎和慢性支气管炎，可以引起男性不育。其中的一种叫做纤毛滞动综合征，表现为患者在儿童时期就患有慢性呼吸道疾病，成年后，其精子尾部纤毛异常，精子向前游动的能力弱，有的只在原处摆动。通过电镜观察发现，精子尾部的纤毛结构有异常改变，同时发现，其呼吸道粘膜上的纤毛细胞结构也发生异常。所以，这种不育是由于纤毛细胞异常造成的。
阴囊内有重要的男性生殖器官--睾丸和附睾，阴囊受外伤后可直接影响睾丸和附睾，从而影响生育能力。然而，由双侧睾丸创伤引起的不育较为罕见，阴囊部位轻度受伤的情况较为常见，但这种损伤一般不大可能引起不育。如果外伤后伴有组织损伤，如阴囊部血肿,出现血精、血尿等情况，则必须引起注意。阴囊外伤后，如有睾丸萎缩，则强有力地说明其对生育能力带来了影响，尤其是严重的外伤，即使损伤了一侧睾丸，亦十分重要,因为它可以损伤血睾屏障，诱发产生抗精子抗体，可导致不育。
精索静脉曲张在青年男性中的发病率较高，据1971年的报道，在1072名6～19岁的在校学生中，体检发现，188名6～9岁的少年均无精索静脉曲张，而831名10～19岁的青少年中有136人有左侧精索静脉曲张，占16.12%。而且，精索静脉曲张引起的不育也不少见，早在1880年，英国的一位外科医生就首先提出，精索静脉曲张可造成男性不育,但引起不育的机理至今尚未完全弄清,可能与下列因素有关：
(1)阴囊温度升高 精索静脉曲张后，由于精索静脉内血流郁滞，可引起阴囊内温度升高，平均高于正常0.6℃，从而影响精子生成。
(2)营养障碍 由于静脉血流郁滞，睾丸、附睾的血液循环受到影响，其所需的营养和氧气供应缺乏，从而影响了精子发生。
(3)睾丸内分泌功能障碍 由于阴囊内局部温度升高、睾丸的供血和供氧不足，必然影响了睾丸曲细精管内间质细胞的内分泌功能，从而干扰了精子发生。
常见的性病有梅毒、淋病、淋巴肉芽肿、衣原体、支原体感染、非特异性尿道炎等，这些病还易感染HIV病毒，合并艾滋病。
性病主要通过以下途径损害男性生育功能，引起男性不育症：
(1)引发炎症，损伤附睾，导致梗阻性无精子症。
(2)诱发产生抗精子抗体(AsAb)。
(3)引发尿道炎，导致尿道狭窄和射精功能障碍。
进行了任何外科手术后，均可暂时地抑制病人的生育功能，尤其是施行了全身麻醉的手术。
以下手术更是直接地影响了男性生育功能：
婴儿尿道瓣膜手术、慢性前列腺炎施行的前列腺切除术、尿道梗阻施行的膀胱颈部切开术，以上手术可能引起逆行射精，导致不育。
尿道狭窄修补术，可能导致射出的精液储存于尿道的某一松驰部位而与尿液相混。
施行尿道下裂、尿道上裂、膀胱外翻等的重建手术后，将影响男性射精功能。
疝修补术可能损伤输精管，造成部分或完全性输精管梗阻，甚至于产生抗精子抗体，破坏男性生育功能；施行睾丸鞘膜积液手术及其它生殖器和腹股沟的手术后也可发生这种情况。
输精管结扎术，是导致手术性梗阻的最常见原因，而且也可造成抗精子抗体产生。
淋巴结清除术，或较大的腹膜后手术，均可能发生腰交感神经被切除，从而造成射精功能异常，发生逆行射精或不射精，导致不育。
经常服用一些药物可能导致暂时或永久的对精子生成的损害。常见的有西咪替啶、柳氮磺胺吡啶、安体舒通、呋喃坦啶、尼立达唑、秋水仙素和各种激素类药物，如：大剂量皮质类固醇、雄激素、雌激素、孕激素、雄激素拮抗剂、促性腺激素释放素促效剂等。此外，癌症化疗药物也是影响男性生育的重要一类。由于睾丸癌、何杰金氏病等在使用化疗药物时，其中含有的一些烷基化合物常导致生殖功能不可逆的损害，因而对生殖器官部位进行放疗也有可能导致精子不可逆地发生停滞，造成不育。
若男性不育患者曾服用了上述的某种药物，应考虑安全地逐步停药，或改用其他对性功能和精液质量无危害的药物，例如用乙酰水杨酸替代柳氮磺胺吡啶。
包茎是指阴茎包皮长而紧，将龟头紧紧包住，开口细小，仅露出尿道外口或连尿道外口都难以暴露。这种情况不治疗，到青春期后过紧的包皮会束缚龟头的发育，还会引起排尿困难和射精困难，深藏的包皮垢容易诱发阴茎癌。这些情况必然影响男性生育功能。因此，应及早行包皮环切术。手术简单、损伤小，术后恢复快，不必再担心影响射精能力，对男性生育功能已无影响。
睾丸鞘膜积液分为原发性和继发性两种，前者原因不明，可能与鞘膜吸收液体功能减少有关；后者多因睾丸和附睾炎症、肿瘤及外伤等所引起，发病缓慢，多为单侧阴囊内肿块逐渐增大，伴阴囊下坠感，积液较多较大时可影响走路和性生活。睾丸鞘膜积液的表现为阴囊肿大，呈卵圆形，表面光滑，有囊性感，与阴囊皮肤无粘连，睾丸、附睾不易摸到，阴囊皮肤颜色正常，透光试验阳性，穿刺可抽出液体。睾丸鞘膜积液在青春期前对男性生育力的影响不大，但进入青春期后，严重的鞘膜积液对睾丸发育不利，到生育年龄后可引起男性不育。这是因为过大的鞘膜积液使阴茎陷入肿块之内，影响正常的性生活；同时鞘膜积液可压迫睾丸，影响正常的生精功能。因此，应尽早手术治疗。青春期前即做手术治疗的患者，成年后睾丸生精功能大多正常，不影响生育能力。
放射线是指由放射性物质或人工设备激发产生的粒子束，在医学上广泛应用的是X线，又叫伦琴射线，如用于检查的X光机、CT机以及放射治疗机等。此外还有用镭、钴等产生的γ射线，如常说的γ刀等。
放射线对人体造血系统的危害已广为人知。同样，放射线对男性的生育力也有很大的危害。睾丸组织对放射线有明显的敏感性，如小剂量或偶尔接受放射线，睾丸生精功能将受到一些影响，但尚可恢复；如果接受大剂量的照射，有可能造成不可恢复的生精细胞损害，从而引起男性不育症。对于从事放射工作而不注意防护的人员，放射线可引起生精细胞中染色体的畸变，甚或引起严重的生精损害，这会引起畸胎、流产、早产及不育等。经常进行放射学检查或治疗，也会对男性生育力造成影响。因此，育龄期男性应注意学习这方面的防护知识，尽量避免接受过量的放射线辐射。
正常的精液在射出时为液化状态，以后立即形成胶冻状或凝块状，经5～20分钟又恢复液化。开始的液化状态是为了便于射精，接着变为胶冻状是为了让精液能在女性阴道内停留而不轻易流出，以后又液化是为了让精液中的精子充分活动，以便沿女性生殖道向输卵管部位游动，利于精卵结合和受精。
如果精液射出后1小时仍不液化，则称为精液不液化症。它包括了两种情况，即精液不液化和精液稠度过高,两者都表现为精液长时间呈胶冻状或团块状，从而影响精子的运动，造成不育。
哪些原因可造成精液不液化呢?一般认为，前列腺和精囊的分泌物参与了精液的凝固与液化过程，精囊产生的凝固因子引起精液凝固，而前列腺产生的蛋白分解酶、溶纤蛋白酶等精液液化因子使精液液化。一旦精囊或前列腺发生了炎症，可使以上因子的分泌发生障碍，造成凝固因子增多或液化因子减少，形成精液不液化症。因此，治疗精液不液化症的关键在于根治精囊和前列腺疾病。大多数患者在前列腺和精囊疾病治愈后，精液不液化也会好转。
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