子宫内膜异位症的治疗应根据患者年龄、症状、病变部位以及对生育要求等不同情况加以全面考虑。原则上症状稍微者采用非手术疗法；有生育要求的轻度患者先行激素治疗，病变较重者行保守治疗；年轻无生育要求的重度患者可采用保留卵巢功能手术辅以激素治疗；症状和病变均严重的无生育要求患者可考虑根治性手术。
治疗不孕的根本就是治疗子宫内膜异位症。治疗内膜异位症的常规方法有：①假孕、假绝经治疗；即口服激素类药来停经而起到缓解疼痛症状的治疗，但该类药不能解决实质问题，副作用大。②手术治疗；治疗对药物治疗有不良反应或无效者。保留生育功能手术，保留卵巢功能手术，根治性手术，腹腔镜下手术治疗，是近年国外较普遍采用的新技术，分为电凝、烧灼及电切或激光切除三种。初步观察术后妊娠率较高。③排卵障碍的中药治疗。
