原发性闭经较少见，仅占闭经总数的5%左右，主要由性染色体异常、性腺发育不全、性分化异常、副中肾管发育障碍和HPOU轴不成熟所致。原发性闭经除了性晚熟以外，往往是由于性器官发育畸形所引起的，常见的有以下几种情况：
1．子宫发育异常 - 经血的发源地是子宫内膜。个别女性可因发育异常而出现先天性无子宫或子宫未发育，或子宫无内膜，因此也就不会出现月经。
2．阴道及处女膜发育异常 - 常见的有先天性无阴道、阴道横隔和处女膜闭锁。正常人的阴道上端与子宫颈部相连，下端开口于外阴部，于开口处周围有一薄膜，称为处女膜，其中间有一圆形或其他形状的开口，使经血外流。如果发生了上述三种疾病，虽然也可以出现周期性的类似月经的下腹部坠胀感，但由于经血的流出道不通，所以也就没有月经的出现了。
3．先天性卵巢缺乏或发育不全 - 卵巢所分泌的激素和卵巢的排卵功能，是维持月经的重要条件。当无卵巢或卵巢发育不全时，女性激素就失去了主要来源，因此，月经不但不能来潮，同时乳房、外阴也还停滞在幼女状态，体态也会缺乏女性青春期应有的丰满感。
除以上一些情况外，其他一些慢性疾病或营养不良也可引经闭经，如结核病、肺瘤等疾病，因此，如果出现了闭经，应尽量早期到医院请专科大夫及时诊治。
