当闭经的原因在于卵巢，卵巢性激素水平低落，子宫内膜不发生周期性变化而致闭经，常见的疾病有：
（一）先天性卵巢发育不全或缺如 此时卵巢未发育或仅呈条索状无功能，多为原发性闭经，常见的疾病有：
1、性染色体异常。①最常见的有特纳综合症。②核嵌合型如45，xo/46，xy，45，xo/46，xx，45，xo/46，xxx，45，xo/47，xxx等。
2、性染色体正常。如单纯卵巢发育不全。
（二）卵巢功能早衰。妇女提早绝经，在40岁以前已绝经者，称为卵巢功能早衰（简称卵巢早衰）。患者表现出继发性闭经，并伴更年期综合征的有关症状如面部潮红、阵热、多汗、情绪波动等，内外生殖器官及第二性征逐渐萎缩及退化。
（三）卵巢切除或组织被破坏。多由于手术切除双侧卵巢或双侧卵巢经放射治疗后，卵巢组织被破坏以致功能丧失，表现为原发或继发性闭经。严重卵巢炎症也可破坏卵巢组织而致闭经。
（四）卵巢功能性肿瘤。产生雄激素的卵巢肿瘤由于过量的雄激素抑制了丘脑下部－垂体－卵巢轴的功能而致闭经。分泌雌激素的颗粒细胞瘤有时也可引起短暂闭经，是由于肿瘤持续分泌雌激素，抑制了排卵，出现子宫内膜增生过长而导致闭经。
