药物流产过程虽然是一种安全、方便、有效的抗早孕措施，但却会产生各种副反应和并发症。副反应主要是由于米索前列醇产生的肠道反应，如恶心、呕吐和腹泻，以及体温调节方面的改变，如发热、寒战和潮热。另外，流产本身也可发生大量流血、盆腔痉挛性疼痛或其他副反应，如头痛和疲劳，但是大多数并发症程度轻，不需特殊处理。
有些严重的并发症，如不全流产导致的大出血，需急诊清宫；宫外孕破裂需急诊手术；严重过敏需急救处理等。因此必须严格按照常规掌握适应症、禁忌症和注意事项。需要注意的是，药流必须在具备急诊刮宫、输液、输血等急救条件的医疗机构进行，给服米索前列醇后必须留院观察。
药物流产对月经和孕产期也有一定的影响，有药物流产病史的患者分娩时胎盘粘连的发生率增加。因此药流只能作为避孕失败的补救措施，要大力宣传避孕知识，指导有效的避孕方法，使人们认识到流产对人体健康的影响，以降低孕产期并发症，切实保障妇女健康。
