诊断衣原体性疾患，目前在我国尚未普及，因此，往往漏诊，所以应当重视临床表现，争取做到化验室检测指标求得确诊。
患者来就医时，男性主诉常常是尿道疼，不适感或从外尿道流出脓样粘液，或因患“淋病”久治不愈，反复出现上述现象；女性病人常常无症状，只是白带多或因其丈夫有“淋病”史，特意来检查确诊。
（一）临床症状
首先应排除淋菌性尿道炎
衣原体性尿道炎与淋菌性尿道炎鉴别
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临床病症 |
沙眼衣原体 |
淋球菌 |
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潜伏期 |
1-3周 |
2-5日 |
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发病 |
缓慢 |
突然 |
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尿路刺激征 |
轻或无 |
多见 |
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全身症状 |
无 |
偶见 |
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尿道分泌物 |
少或无，粘液性或浆液性稀薄 |
常见，量多呈脓性 |
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无症状带菌者 |
相当多 |
有，但不多 |
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白细胞内G- 双球菌 |
（一） |
（+） |
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病原菌培养 |
沙眼衣原体 |
淋球菌 |
（二）实验室诊断
检测出病原体或病原体特异性DNA是诊断本病唯一标准，近年来由于对CT直接分离培养成功，加之基因诊断技术在CT诊断方面的成功应用，使过去认为难以诊断的疾患已提高到最易诊断的一种疾患，但是上述两项技术特殊，对操作人员及实验设备要求严格，在一般医院实行起来尚难完成。一般只用CT抗原法进行诊断。
1．衣原体细胞培养：对沙眼衣原体敏感的细胞株为McCoy细胞、Hela-229细胞和BHK细胞，最常用的是经放线菌酮处理的单层McCoy细胞，孵育后，用单克隆荧光抗体染色，可迅速诊断，但操作人员一定要熟练，需专业培养。培养法的敏感性为80%-90%，阳性即可确立诊断。
2．衣原体细胞学检查法：在感染细胞内可有衣原体的包涵体存在。从感染部位采取细胞标本作涂片，姬姆萨染色包涵体是蓝色或暗紫色，碘染色显示褐色。但敏感性差（40%），目前已较少采用。
近年来采用荧光素标记的抗衣原体单克隆抗体，来检测细胞涂片中的衣原体，使用较为方便，目前主要用衣原体外膜蛋白（MOMP）的单克隆抗体的商品试剂（Mico Trak，Pathfinder，Monofluor）。结果判断：要衣原体数>10个才能判为阳性。
3．PCR检测衣原体DNA：
（1）标本的处理：
① 取材部位为子宫颈管，男性为尿道，将灭菌白金耳深入宫颈管或尿道1cm左右，转动数圈，停留约30s，取出后置标本缓冲液中。
② 衣原体DNA提取：
将宫颈管内或尿道内刮取物置含0.5% NP-40、0.5% Tween 20，1% SDS和2mg/ml 蛋白酶K的TES缓冲液（50mmol/L Tris-HCl，50mmol/L NaCl，100mmol/L EDTA，pH 8.0）置37℃裂解60min，沸水5min，酚、氯仿抽提DNA，乙醇沉淀 ，沉淀物溶于20μlTE缓冲液(100mmol/L Tris-HCl，1mmol/L EDTA，pH 8.0)。
（2）引物设计：
引物对选自衣原体16SrRNA基因，为衣原体属特异性，以DNA合成仪固相亚磷酸三酯合成并纯化。引物对的序列分别为5′GTGGATAGTCTCAACCCTAT 3′(16SrRNA基因位点832-851)和5′TATCTGTCCTTGCGGAAAAC3′(位点1041-1022)。目的扩增片段（832-1041）长210bp。
（3）PCR扩增：
传统的方法反应体积为100μl，含5x反应缓冲液20μl和FD-DNA聚合酶2U、4种dNTP各200μmol/L以及引物对各25pmol/L。上述成分预先一次性分装于0.5ml离心管，-20℃备用。临用加模板DNA 2μl，短暂离心，加100μl矿物油覆盖。现在试剂已商品化，反应体积为25μl，单管已分装好，只要加入模板DNA即可。置DNA扩增仪进行40次循环扩增。每次循环包括90℃变性45s(第一次循环变性2min)，55℃退火30s和72℃延伸40s（最后一次循环72℃，延伸5min）三个步骤。每次扩增均应作阴阳性对照。
（4）扩增产物的检测
① 1.5%琼脂糖凝胶电泳检测：取10u l PCR扩增物作1.5%琼脂糖凝胶电泳、0.5μg/ml溴化乙锭染色，以PGEM-3Zf（+）DNA-Hae Ⅲ为分子量标准，置紫外透射仪观察结果。
② 生物素寡核苷酸探针的检测
a.探针序列及合成：探针序列为5′ACTCAA-AAGAATTGACGGGGGCCCGCACAA 3′(30mer)，衣原体16Sr RNA基因中的位点为909-938，与PCR扩增片段中间序列互补。以DNA合成仪固相亚磷酸三酯法合成并纯化。
b.标记：按Riely等方法略有修改。以末端脱氧核糖核酸转移酶（TdT）催化Bio-11-dUTP标记到合成的寡核苷酸探针片段3′-OH端。反应体系含：140mmol/L二甲胂酸钠，30mmol/L Tris-HCl（pH 7.6），100μmol/L Bio-11-dUTP，0.1μmol/L 寡核苷酸片段，0.05%BSA，300U/mlTdT。于37℃保温3h后，加10mmol/LEDTA终止。寡核苷酸片段探针标记后，将标记探针（1ng/μl）作2倍系列稀释，取5μl点膜,封闭后显色。结果探针经32倍稀释（最高稀释度5ng）后仍呈现明显的显色反应，证实探针的标记以及显色效应良好。
c.DNA斑点杂交：提取的DNA或其PCR扩增产物0.5mol/L NaOH变性20min，取5μl点于硝酸纤维素膜，烘干；以6×SSC(1xSSC为：0.15mol/L NaCl，0.015mol/L柠檬酸三钠，pH 7.0)浸泡2次，80℃干烤2h。置6×SSC，5×Denhardt液，0.2%SDS，50μg/ml变性牛胸腺DNA，10mmol/L EDTA中于55℃杂交3h后，加入终浓度为150μg/ml的探针，于55℃杂交过夜。以2×SSC-0.1%SDS室温漂洗3次，每次15min。
d.显色：将杂交漂洗后的滤膜浸泡于0.1mol/L Tris-HCl (pH 7.5)，0.15mo l/L NaCl，0.05%Tween20，0.05%%TritonX-100，2%BSA中，37℃封闭6min；置4μg/ml亲和素的缓冲液A（0.1mol/L Tris-HCl，0.15mol/L NaCl，pH 7.5）中，37℃孵育30min，缓冲液A漂洗3次；再置于含1μg/ml生物素化碱性磷酸酶的缓冲液A中，37℃作用30min，缓冲液A漂洗2次，缓冲液B（0.1mol/L Tris-HCl，0.1 mol/L NaCl，50 mmol /L MgCl2，pH 9.5）漂洗2次。最后将膜泡于含0.1mg/ ml磷酸萘酚AS-MX和0.6mg/ml坚固蓝RR的缓冲液B中，暗处显色30min。
PCR扩增衣原体DNA有十分高的特异性及敏感性，结合生物素标记的衣原体寡核苷酸探针作DNA斑点杂交。可作为衣原体诊断的金标准，其敏感度可以检测相当于1个拷贝的衣原体DNA分子。
