淋病的病原体是淋病双球菌，呈卵圆形或豆形，成对排列，故名淋病双球菌，革兰氏染色阴性（一种常用的染色方法，可用于检查细菌），又称奈瑟氏双球菌（由于淋球菌是由Neisse ria Gonorrhoea首先发现的），大小为0.6μm×0.8μm，只有在高倍的显微镜下才能看到。淋球菌由核质、细胞浆、细胞膜和细胞壁等构成。
淋球菌对理化因子的抵抗力较弱， 42℃ 20分钟即可使其全部死亡，因此加热即很容易达到消毒目的。干燥条件也不适合淋球菌生长。淋球菌对各种消毒剂也很敏感。
但是，淋球菌容易产生耐药菌珠，目前临床上发现绝大多数感染者为耐药菌株的感染，即产β-内酰胺酶的耐青霉素淋球菌株（简称PPNG），这给治疗增加了难度，故得病后一定要找有经验的大夫治疗，以免治疗不彻底。
