西医西药对非淋菌性尿道炎的初发阶段及未出现耐药菌株的情况下的治疗还是有一定疗效的，但随着耐药菌株的出现，及对于部分尿道炎症状持续不退，或并发前列腺炎，附睾炎，宫颈炎等合并症的患者，疗效则不甚满意。
有些不负责任的医院采用增加药量及很多种西药联合使用，超时限用药，毒副作用太大，肝脏、肾脏的负担过大，使肝、肾功能下降，人体免疫力也随之下降，人体免疫力下降又使病情加重或有并发感染，形成恶性循环，久治不愈，或越治越重。
反复大量使用广谱抗生素导致体内菌群失调，免疫力下降，使原本不致病的病原体，真菌，微生物大量繁殖，成为诱发新的感染或加重原有感染的根源。如非淋患者大量使用抗生素后诱发霉菌性阴道炎或霉菌性龟头炎等。
临床上，治疗非淋菌性尿道炎，对于发病初期，尿道分泌物较多，尿急，尿痛等症状较明显的，在服用或注射敏感抗生素（先做药敏试验，以便准确用药）的同时，可短期辅以中药内服，可以缩短治疗时间，提高治疗效果，以期彻底治愈。对于慢性非淋菌性尿道炎患者（病程3周以上）及尿道炎症状持续不退，查菌阴性或并发前列腺炎，附睾炎，输精管炎，宫颈炎，宫颈糜烂，子宫内膜炎等并发症的患者，西药治疗难以收效时，应以中药治疗为主要选择，适当延长疗程，以求达到标本兼治，彻底康复。
