非淋应与淋病（淋菌性尿道炎）相鉴别。
淋病症状较重，发病较急。潜伏期1-3天，尿急、尿频、尿痛、排尿困难症状严重，尿道分泌物量多，呈脓性，实验室检查可于分泌物中检出“革兰氏阴性双球菌”，即可确诊。
而非淋的潜伏期为1-3周，尿道炎症状较淋病轻，病原体为衣原体、支原体、滴虫等感染引起，也是性传播性疾病之一，也有尿频、尿急、尿痛和尿道口分泌物，症状与淋病很像。
它们之间主要的区别在于淋病患者尿道口有黄稠分泌物，而非淋菌性尿道炎患者尿道口仅有清稀分泌物。淋病淋球菌检查为阳性，而非淋菌性尿道炎淋球菌检查为阴性。
此外，非淋菌性尿道炎直接涂片在1000倍显微镜视野下多形核白细胞数＞5个，这一点也有诊断意义。
