一、沙眼衣原体
衣原体的大小介于细胞与病毒之间，无独立的代谢机构，在细胞内生长繁殖，完全依靠它所寄生的宿主细胞提供能量，具有较复杂的酶系统，能充分利用宿主细胞内的营养成分。含有RNA和DNA两种类型的核酸，具有肽聚糖组成的细胞壁，含有核蛋白体，它的生长受多种抗生素抑制，广泛寄生于人类、哺乳动物和鸟类，仅少数致病。衣原体有特殊的生长周期，每个生长周期有两种发育型：1、原体：为感染型，呈球形，代谢处于静止状态，外界环境有较强的抵抗力，可存在于男性尿道和女性阴道分泌物中，有感染性。2、始体：为繁殖型，体积明显增大，呈圆形或卵圆形，只存在于宿主细胞内，无传染性。宿主细胞细胞内的始体经过多次分裂，产生很多原体颗粒，包裹在一个包囊内，称为包涵体。原体颗粒通过性接触侵入被感染者尿道和子宫颈的上皮细胞，8小时后体积增大变为始体；再过20～24小时，始体开始二分裂形成原体，原体数量增多形成包涵体，将宿主细胞破环，原体颗粒释放出来，再感染新的宿主细胞。衣原体对热敏感，56℃～60℃仅能存活10分钟，在-70℃能保存数年。0.1%甲醛液、0.5%石炭酸可将衣原体在短期内杀死，75%酒精0.5分钟即可将其杀灭。
沙眼衣原体（CT）感染占非淋菌性尿道炎的25%～55%，D、E、F、G、H、I、J、K型为眼结膜、尿道一眼生殖器衣原体，常引起尿道炎。
二、支原体
支原体外膜为软体，因此呈多形性，常呈现圆形、卵圆形、方形、棱形、哑铃形等形状。支原体不具有耐热性，55℃时15分钟死亡。汞、石炭酸、来苏、过氧乙酸等可将其杀灭。
人类寄生的支原体包括肺炎支原体、生殖支原体、分解尿素支原体（简称解尿支原体UU）、人型支原体（MH）。生殖支原体、解尿支原体、人型支原体可引起尿道炎。解尿支原体感染占非淋菌性尿道炎的20%～50%，人型支原体占30%～50%。
解尿支原体是一种极微小的球杆状微生物，菌落呈针尖大小。解尿支原体生长、繁殖时需要类固醇物质。解尿支原体缺乏坚硬的细胞膜，因此不被青霉素抑制。有人研究，在正常人的尿道中也存在解尿支原体，因此认为它的致辞病性与其血清型有关。可在尿道上皮组织损伤时侵入，引起非特异性炎症和变态反应。
人型支原体往往与解尿支原体同时检出，它的生存和代谢必须在细胞内完成，可以侵入细胞并引起慢性水肿性炎症和组织损伤，目前被认为是非淋菌性尿道炎的主要原因。
三、其他
约10%～20%的非淋菌性尿道炎可由阴道毛滴虫、白念珠菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、酵母菌、厌氧革兰氏阴性杆菌引起。
