衣原体是介于病毒和立克次体之间的，能够通过滤菌器，具有在专门细胞内寄生与独特较长生活周期的原核细胞型生物，可专一性亲附于细胞（浆）内，不侵入鳞状上皮而偏向于柱状上皮，女性宫颈是它的主靶器官，男性尿道为主要罹患部位。
在分类学上，衣原体由三个种组成，即沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体和肺炎衣原体，而与人类泌尿生殖道感染密切相关的是沙眼衣原体。据报道沙眼衣原体是35岁以下男子尿道炎和急性附睾炎的主要病因之一。它经射精管逆行向上进入输精管是附睾感染的常见途径，故可导致输精管和附睾管腔部分或全部阻塞而明显改变精子质量，由于射精管内形态、结构的改变，可能导致尿液逆流入输精管。因此，无症状衣原体前列腺炎可能先于急性附睾炎。临床上发现，采用免疫荧光检测证实，非细菌性前列腺炎男子生殖道衣原体存在率较高，大约45%症状性非细菌性前列腺炎和脓精男子的精液中，抗沙眼衣原体特异性性IgA水平升高。
