自然流产连续发生3次或以上者，称为习惯性流产。每次流产多发生于同一妊娠月份。其原因如下：
1、内分泌因素：正常妊娠的维持，一方面需要产生足量的绒毛膜促性腺激素，使月经黄体继续发育成妊娠黄体，从而妊娠黄体分泌维持妊娠所必需的激素—雌二醇和孕酮。另一方面需要发育良好的蜕膜组织，为受精卵着床及生长发育提供良好的营养环境。
原发性孕激素分泌不足：黄体功能不足，孕激素分泌不足，蜕膜发育不良，影响受精卵种植及胎盘形成，常易发生早期流产。
原发性绒毛膜促性腺激素分泌不足：多见于胎盘绒毛病变，绒毛功能不全，绒毛膜促性腺激素分泌不足，引起继发性孕激素分泌不足，胚胎得不到丰富的营养而死亡。
其他内分泌器官如甲状腺、肾上腺皮质、胰腺等功能障碍，皆可影响正常妊娠的维持而致流产。
2、免疫因素：母儿血型不合可造成同族免疫反应，导致习惯性流产、早产、死胎及新生儿溶血症；夫妇组织相容性抗原的纯合性与流产相关，这些妇女对丈夫的白细胞不产生抗体应答，怀孕后就易于排斥胎儿引起流产。
3、子宫因素：子宫畸形可发生流产或早产；子宫内膜的雌二醇及孕酮受体缺乏，使雌孕激素对受精卵着床及生长发育不能发挥正常生理效应而易致流产；异常的子宫动脉分支直接影响胎盘的血流而致流产；子宫肌瘤影响胎盘附着可导致流产；宫颈内口松弛者常于妊娠中期，胎儿长大，羊水增多，宫腔内压力增加，胎囊向宫颈内口突出，宫颈管逐渐短缩、扩张，发生流产。
4、遗传因素：胚胎的染色体异常包括染色体数目异常和结构异常，是
自然流产的重要原因，大多发生于妊娠早期，可来自于双亲的遗传，可由于受精卵在发育过程中受到某些因素的影响，或由于在形成配子的减数分裂中分裂未能正常进行；某些基因突变易可使胎儿死亡，引起流产、死胎或畸胎。
